یکی از چالشهایی که پیش پای پزشکیان قرار دارد موضوع قیمتگذاری دستوری است که زیان انباشه را برای بسیاری از صنایع به دنبال داشته است. پزشکیان در یکی از برنامه های انتخاباتی خود صراحتاً نسبت به رقابتی کردن بازارها سخن گفت و معتقد بود زمانیکه بازارها رقابتی شود، محصولات نیز در نهایت کاهش پیدا میکنند.